Le Lac Tanganyika est actuellement menacé par le déversement des déchets industriels et ménagers. Ce problème de déversement des déchets dans le lacTanganyika est accentué par le fait que les machines de la SETEMU utilisées au niveau de la station d'épuration des eaux usées sont vieilles. La situation est préoccupante pour la santé humaine et pour les êtres vivants du lac Tanganyika.

Les cours d'eau qui se jettent dans le lac Tanganyika sont très pollués et polluent à leur tour le lac. C'est notamment le cours d'eau qui passe à l'endroit appelé "kumase" qui sent très mauvais et qui se déverse dans le lac Tanganyika, détruisant ainsi son écosystème aquatique.

Un autre endroit qui montre que la pollution du lac est réelle est la station d'épuration des eaux usées de Buterere où les machines sont vielles. Les eaux usées passent dans le lac Tanganyika à l'état brut. Conséquence: la biodiversité aquatique de ce lac est détruite.

Selon Consolate NKURUNZIZA de la SETEMU, la situation est aggravée par les associations qui œuvrent dans l'assainissement de la ville de Bujumbura sans respecter les règles sanitaires.
Ce triste état de choses est confirmé par le responsable de la "brigade salubrité" de la Mairie David NDAYIZEYE qui indique que certaines associations jettent les déchets n'importe où et dans la clandestinité.

Le secrétaire de la plate forme nationale de prévention et de gestion des risques et catastrophes fait savoir quant à lui que le code de l'eau doit être respecté. Selon cette autorité, la mise en œuvre des dispositions du code de l'eau serait l'une des solutions pour prévenir les risques de pollution du lac Tanganyika.

Toutefois la Régideso tranquillise, affirmant que l'eau qu'elle fournit est bonne. Désiré NSENGIYUMVA, Directeur de l'eau indique en effet que l'eau que la Régideso fournit à la ville de Bujumbura est prélevée à 3.5km de la rive. Il prévient néanmoins que si rien n'est fait pour protéger le lac, on sera obligé d'aller plus loin.

Le Directeur Général de l'eau et de l'assainissement au Ministère de l'environnement Emmanuel NDORIMANA indique que la gestion des déchets doit commencer par les ménages.

Cette situation de pollution du lac Tanganyika a réduit sensiblement la production du poisson selon le témoignage des riverains de la zone polluée.